Khu bảo tồn bao gồm hai vùng đầm phá, gần với thị trấn Punta Abrejos là Laguna Ojo de Liebre và Laguna San Ignacio chảy ra Thái Bình Dương qua hai nhánh nhỏ là Bahia Sebastian Vizcaino và Rio San Ignacio. Địa hình chính bao gồm cảnh quan đá trầm tích ở phía Tây bắc, phía Đông là dãy núi chính chạy dài theo bán đảo Baja California với độ cao trung bình từ 1.300 m đến 1.996 m. Vùng trung tâm bao gồm các đồng bằng hẹp, sa mạc, dung nham, đá hóa thạch. Ngoài ra là các bãi nông, vũng, vịnh cát, và cửa hút gió từ biển vào được tìm thấy trong cả hai vùng đầm phá.